Ponga el agua a hervir en una olla o una olla express. Limpie los frijoles, quíteles la basura y lávelos. Métalos al agua hirviendo y déjelos 5 minutos. Tíreles el agua, vuelva a ponerle otros 2 litros y tape la olla. Deje cocer durante 1 hora en olla express, 2 a 2 1/2 horas en olla normal. Destape y añada sal. Hierva otros 10 minutos.
Coloque el aceite en una cacerola alta y caliéntelo. Agregue la cebolla, cuando esté frita añada los frijoles sin el caldo y macháquelos; sígalos friendo hasta que los frijoles absorban todo el aceite. Incorpore el chipotle molido y revuélvalo bien.
Sírvalos calientes acompañados de totopos.